質問
社員が横領し、その額が50万円になります。被害届は未提出です。
返済の意思があるため、確定した50万円は回収して問題ないでしょうか。被害金額が確定できない部分についてはどうしたらよいでしょうか。

回答
本来の原則は、
① 刑事については、被害届あるいは刑事告訴をする、
② 民事については、損害を確定した上で、被害弁償を求め、示談ができない場合は民事訴訟を起こす、
という流れになります。

今回の場合、現時点では被害届の提出は考えていないとのことなので、①はよいとして問題は②です。
まず、50万円を受領してもよいかという問題ですが、これは受領しても構いません。この50万円については領収書を発行しても、それで他の損害について請求できなくなるわけではありません。
被害金額が確定できない部分についてですが、最大限この程度という金額は確定できないのでしょうか。この金額で和解をし和解書を作成すれば、後に、横領をした社員が、もっと損害が小さいということを証明しても、払い過ぎたということを主張することはできません。