会社が破産する場合、会社名義の預貯金はどうなりますか

まず、破産申立を弁護士に依頼した以降は、原則として、代理人の弁護士に通帳類を預けていただくことになります。
破産申立の準備に入った段階で、会社名義の預貯金を買掛債務の支払に充てるといったことはできません。
また、破産手続開始決定後は、破産管財人により全ての預貯金について解約され、破産財団(債権者の配当の引き当てとなる財産)に組み入れられることになります。
破産管財人が、銀行等の金融機関に対して、解約に必要な書類を送付してもらい手続きをとることになりますので、会社の代表者等の関係者が行うことはできません。