質問
顧客より車両の注文をいただきましたが、発注車両のため、輸入元へデポジットを入れないと生産を開始してもらえません。そこで、顧客より100万円を預かり、これをメーカーに振込んで生産に入りますが、顧客から、車両が届く前に弊社が倒産した場合、そのお金はどうなってしまうのかという質問を受けました。

回答
このような場合、顧客は御社の債権者として100万円の債権があることを裁判所に届け出たうえ、御社の財団(=破産する時に会社に残っている財産のことです)に余剰があれば、御社の管財人に選任された弁護士から返還を受けることができます。
ただ、この100万円の返還請求権は優先債権ではありませんので、他の債権者と一緒に按分配当を受けるにすぎませんし、御社の財団が少なければそこまで配当が回らず、結果として顧客は100万円の返還を受けることができない可能性も高いです。