会社が破産する場合、直近決算期の法人税や消費税の申告をしていないのですが、どうなりますか

会社は、破産手続開始決定により解散し、その日を末日として当該事業年度を終了することになるため(解散事業年度)、その翌日から2カ月内に法人税や消費税の申告が必要になります。
この点の申告について、破産管財人が申告義務を負うと解されています。

ただ、解散事業年度において、破産する会社に所得が生じていることは稀であり、管財人が税務申告をする意義は、税金の還付を受けられる(財団の増殖を図る)場合があることや税の支払を免れる(財団の減少を防ぐ)ことにあります。

例えば、解散事業年度において欠損金が生じている場合には、繰戻し還付を請求することができ、前年度の法人税を滞納している場合については、その納付の必要がなくなります(欠損金の繰戻し還付)。

ただ、多額の還付も見込めず、税理士等に申告のための費用を支払うと財団の増殖に寄与しない(費用対効果として見合わない)場合には、事実上申告ができないこともあり得ます。